PET在精度方面有一定的限制，在定位方面有一定的限制。为此，我们考虑将该设备的结果同放射学的结果综合考虑。但是如果扫描时间不同，密度小的组织状态不稳定，将两种设备图像融合的结果经常不太精确。
2000年开始，业界解决了PET和CT设备整合，同步扫描的问题。PET/CT不仅能够解决同步扫描的问题，同时，通过CT扫描得到密度图，用于散射校正，可以极大地提高精度和诊断准确率。目前最先进的设备可以达到52环PET同64层CT整和，通过同心电图的同步（术语叫门控），以及考虑到心率不齐的手动ECG编辑重建，可以用于心脏机能和恶性病变的精确定位。
目前，有公司正在试验核磁共振MR同PET的整合设备，叫做MR/PET，该设备可以充分整合MR在软组织密度探测方面的能力和PET在分子程度的探测能力，对于脑和神经系统疾病方面的诊断将有着非常重要的表现，值得期待。
虽然PET有以上诸多的优点，但仍存在如下不足：
1）对肿瘤的病理性质的诊断仍有一定局限性，如，对于炎症的特异性不好。
2）检查者需要有较精湛的影像技术和较丰富的经验，尤其对是对不同体形不同诊断需要的患者采用何种检查体位，注射多少核素等问题需要积累经验，另外读片者有时候必须同时兼具放射科和核医学科的知识。
3）检查费用昂贵，目前做一次全身PET检查需花费一万元左右，在临床医学中不易推广。
