有航海技术、轮机工程、航运管理、物流管理、热能与动力工程、交通运输、交通工程、管理科学、工商管理、国际经济与贸易、会计学、电气工程及其自动化、机械电子工程、物流工程、自动化、电气工程与智能控制等王牌专业。
国家级特色专业：物流管理、航海技术、机械设计制造及其自动化、轮机工程、航运管理。
学科建设：国家重点（培育）学科：交通运输规划与管理（隶属交通运输学院）。
交通部重点学科：产业经济学、交通运输规划与管理。
上海市重点学科：载运工具运用工程、交通运输规划与管理、物流管理与工程、港口机械电子工程、国际法学（海商法）。
上海海事大学所包含的专业本科专业交通运输
物流管理
交通工程
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航运管理+英语
法学（海商法）
经济学（海运与物流经济）
国际经济与贸易
金融学（海运金融）
会计学
会计学（国际会计）
会计学（ACCA课程班）
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物流工程
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电气工程与智能控制（中荷）
计算机科学与技术
信息管理与信息系统
网络工程
电子信息工程
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港口航道与海岸工程
船舶与海洋工程
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英语
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英语（国际商务）
日语
信息与计算科学
数学与应用数学
行政管理
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