华东理工大学生物工程学院的办学历史起源于1955年国内最早成立的我校抗生素制造工学专业。1972年上海科学技术大学生物系调入我校，1980年抗菌素专业更名为生物化学工程专业，1982年生物化学工程系成立，1986年食品工程专业招生，1996年生物工程学院成立。
学院(系)于1991年获批全国第一个生物化工博士点，1995年建成生物反应器工程国家重点实验室，1996年成立国家生化工程技术研究中心(上海)。2002年生物化工被批准为国家重点学科，2008年生物工程被批准为国家特色专业，2010年获教育部首批生物工程卓越工程师计划项目，2024年国内第一个生物工程博士学位授权一级学科获得批准。生物工程专业于2024年通过国家工程教育认证首批试点。学院(系)坚持生物学与工程学相结合的办学理念，突显生物过程工程学科特色，强化专业教学与科研、产业间互动，累计为国家培养了9000多名具有扎实工程学基础和生物学基础、注重实践和创新能力的高素质优秀人才。
学院现以生物工程和食品科学与工程两个大类招生，设生物工程、生物科学、生物技术、食品科学与工程、食品质量与安全5个本科专业。本科专业分流原则以高考成绩和大学第一学期成绩为依据，在大学第二学期后半学期进行专业分流。研究生培养设置了生物工程(一级学科)、生物化工(二级学科)、生物化学与分子生物学(二级学科)、食品科学(二级学科)、微生物学(二级学科)5个硕士点，生物工程(一级学科)、生物化工(二级学科)、生物化学与分子生物学(二级学科)3个博士点，以及生物工程、食品工程2个专业学位领域。学院拥有国内外顶尖的学科带头人和一大批中青年学术带头人及学术骨干，师资力量雄厚，梯队结构合理。现有教职工168人，其中中国工程院院士1人(兼)，教授(研究员)39人，副教授(副研究员)54人;博士生导师31人，硕士生导师75人。在校本科生1240余人，硕士生580余人，博士生140人。学院与美国、英国、德国、澳大利亚等国家的十多所国际知名高校建立了本科生国际交流机制，每年向国际知名高校派送30—50名本科生参与国际交流项目，同时，每年接收30余名来自国际知名大学的本科生开展国际交流。
学院拥有生物反应器工程国家重点实验室和国家生化工程技术研究中心(上海)两个国家级科研基地和若干研究所，承担了一大批国家级科研项目和重大横向课题，取得了数十项省部级、国家级科技奖项。学院正以继承传统、保持优势、开拓创新的步伐，朝着建设国际一流的研究型生物工程学院目标迈进。
生物工程
生物工程是指利用生物体系、应用生物学、化学和工程学技术相结合的方法，按照人类的需要改造和设计生物的结构与功能，以便更经济、更有效、大规模地为人类提供所需产品或达到某种目的的新型学科。生物工程是生命科学从实验室研究通向工业生产的桥梁。
生物工程专业秉承以学生为中心、以学习成果为导向的培养理念，培养德智体美全面发展，具备数学与自然科学、生物学与工程学的基础知识，掌握生物产品生产的科学原理，熟悉生物制造过程与工程设计理论和技能，能够在生物工程领域从事产品过程设计、生产与管理，新技术/产品研发的工作，能够解决复杂生物工程问题的高级专门人才。
我校生物工程专业的前身是1955年创建的“抗生素制造专业”，1998年更名为“生物工程”，2008年被批准为生物工程国家特色专业。生物工程为中国抗生素工业的建立和壮大做出了重要的贡献，随着专业的发展，目前在基因工程药物开发、动植物细胞培养、海洋生物技术、发酵工程、生物制品提取纯化、生物医药工程设计等诸多领域有着重要的国际影响。生物工程专业于2001年被列入上海市重点学科，2002年被批准为国家重点学科，2007年被批准为发酵工程上海市重点学科，2010年获得教育部首批生物工程专业卓越工程师计划试点项目，2024年获批生物工程国家工程实践教育中心。
本专业拥有生物反应器工程国家重点实验室和国家生化工程技术中心(上海)。依托学科生物化工、发酵工程两个博士点，发酵工程、生物化工、生物工程与技术、微生物学四个硕士点。科研与教学梯队充满活力，目前拥有国内外顶尖的学科带头人和一大批中青年学术带头人及学术骨干，承担着多项国家“973”、“863”、国家科技攻关、国家自然科学基金、部委、地方及企业的重大科研项目，并取得了国家科技进步奖、上海市科技进步奖等多项成果。
