MRI可利用被检组织的物理和生物化学特性(如水、铁、脂肪、血管外血液及其分解后的产物等) 来作组织特性的评价，并区别不同组织。通过流动效应来评价血流和脑脊液的流动。自旋回波序列扫描时，骨皮质及钙不发射信号。因此，为骨骼所包围的组织，如后颅窝和椎管内的组织显示清楚，不受因骨产生的伪影所影响。MRI 扫描时，无需移动病人即可作多方向的扫描，因此在制定临床医学放射治疗和手术方案时很有帮助。MRI 增强扫描时所用的顺磁性造影剂无毒性反应，使我们能研究血脑屏障的完整性。
MRI图像信号的采集不是利用电离辐射，也无需含碘的造影剂；在检查前不用对病人进行特殊的准备；加之它是一种无创伤性的检查，所以易为病人所接受。
尽管MRI 具备上述技术上的优势，但也有一定的不足之处，如：
扭描时信号采集较慢，需时较长。重危病人，不能很好合作和配合的病人，仍不能接受此项检查，或因监护系统及生命维持系统不能进入医学影像磁体房，或因扫描时间太长而不能耐受。由于磁体扫描膛较小，少数病人会有幽闭感，不能很好配合只得中止检查。另外对过于肥胖的病人亦不易进入扫描膛，或即使进入，也可能因肢体碰触线圈而造成图像不良。带有心脏起搏器或体内带有磁铁性医疗装置的病人均受到限制，不能接受检查。
自旋回波成像时，钙无信号，在诊断以病理钙化为特征的病变时，会受到影响。MRI 是一种高科技成像仪器，需要一定的技术力量和器材来维持其运转，因此费用较高。
