玉溪农业职业技术学院遵循现代职业教育发展的教育教学规律，以立德树人为根本、以服务发展为宗旨、以促进就业为导向、以技术培养为核心、以能力建设为重点，实施“六合”模式（工学结合、教练融合、校企联合、校企合作、院院合作、院校合作），突出“三性三实”（突出实践性、开放性和职业性；突出实验、实训、实习）；采用“学院＋企业＋基地”，“学院＋企业＋基地＋客户”，“学院＋科研所＋基地”等的办学模式；建设好两个基地，即“高级应用型技术技能人才培养基地”、“农业科技研究和新技术推广基地”，立足玉溪、服务云南、面向全国、拓展东南亚、办人民满意的教育，为云南现代高等职业教育和玉溪经济社会发展做贡献。
在近60年的办学历程中，教育教学改革方面卓有成效，为社会培养出了3万多名高素质的现代农业科技带头人和技能型人才，深受社会各界和用人单位好评。2012年，学院顺利通过国家教育部人才培养工作的评估。
2012年，烟草栽培技术专业获中央财政“高等职业学校提升专业服务产业发展能力”项目支持；2013年该项目通过中期验收，其专业建设案例被遴选为教育部“高等职业学校提升专业服务产业能力”建设项目典型案例在全国进行推广。2013年学院成功申报为“云南省现代农业技术培训基地”；同年，云南省第110职业技能鉴定所荣获 “云南省2013年度职业技能鉴定所先进单位”称号。
院系设置
三年制专科
| 系部名称 | 专业名称 | 系部名称 | 专业名称 |
| 建筑与环境艺术工程系 | 测绘工程技术 | 经济管理系 | 会计 |
| 园林技术 | 电子商务 | ||
| 环境艺术设计 | 文秘 | ||
| 工程造价 | 市场营销 | ||
| 工程测量与监理 | 农业经济管理 | ||
| 园林工程技术 | 物流管理 | ||
| 农林科学系 | 烟草栽培技术 | 信息技术与电气工程系 | 室内设计技术 |
| 中草药栽培技术 | 广告设计与制作 | ||
| 农产品质量检测 | 计算机应用技术 | ||
| 种子生产与经营 | 计算机多媒体技术 | ||
| 园艺技术 | 供用电技术 | ||
| 动物科学系 | 畜牧兽医 | 电气自动化技术 | |
| 兽医 | 汽车检测与维修技术 | ||
| 动物防疫与检疫 | 食品药品工程系 | 生物制药技术 | |
| 宠物养护与疫病防治 | 食品加工技术 | ||
| 生物技术及应用 | |||
| 专业名称 | 学制 | 层次 |
| 农产品保鲜与加工 | 五年 | 专科 |
| 美术设计与制作 | 五年 | 专科 |
| 园林技术 | 五年 | 专科 |
| 工程测量 | 五年 | 专科 |
| 会计 | 五年 | 专科 |
| 电子商务 | 五年 | 专科 |
| 畜牧兽医 | 五年 | 专科 |
| 专业名称 | 学制 | 层次 |
| 果蔬花卉生产技术 | 三年 | 中专 |
| 园林绿化 | 三年 | 中专 |
| 农产品保鲜与加工 | 三年 | 中专 |
| 烟草生产与加工 | 三年 | 中专 |
| 畜牧兽医 | 三年 | 中专 |
| 计算机应用技术 | 三年 | 中专 |
